根據「全球入侵種方案（Global Invasive Species Program）」的定義，「外來入侵種」是指一個被人類有意或無心引進非其自然分布的地區，進而立足、入侵、將原生物種淘汰、佔領該新環境的物種。
美國總統柯林頓在1999年頒布的第13112號行政命令，把「外來種」定義為原產於其他地區的動植物，而把「外來入侵種」定義為生態系中的外來種，而且在引進之後已經或可能造成經濟損失、生態破壞或有害人類健康者。因此，只要不是原產於當地，而是從其他地區引入的都被稱為「外來種」；引入後造成負面影響的才稱為「外來入侵種」。
前林試所森林保護組研究員趙榮台表示，很多人把外來種和入侵種混為一談，但外來種不一定會成為入侵種，外來種不一定全是負面，例如市面上常見的芒果、稻米都是外來種，只有造成生態破壞和經濟損失的外來種，才會被列為外來入侵種。例如福壽螺、小花蔓澤蘭、紅火蟻等。
臺灣大學森林環境暨資源學系教授、生物多樣性中心主任袁孝維指出，9成以上的外來種無法在引進地區的野外存活，但剩下不到一成的外來種卻能在野外成功繁衍，甚至成為強勢物種，以致對原本的生態環境所造成非常大的傷害。外來入侵種就是指那些會造成生態災難、經濟損失以及健康威脅的外來種。
我國目前針對外來入侵種的管理和防治，由農委會防檢局負責邊境檢疫，儘量將有害物種阻絕境外，而已在臺灣落地生根的外來入侵種則由農委會林務局主責。農委會林業試驗所在2014年建置「臺灣外來入侵種資料庫」，整理了210種外來入侵種，包括植物76種、動物128種、微生物6種。
林務局目前針對外來入侵種的動物，將沙氏變色蜥、埃及聖鹮、綠鬣蜥、斑腿樹蛙、綠水龍等5種列為主要移除的對象。林務局每年年底都會和地方政府召開保育業務檢討會議，依據實際移除成果及監測背景資料，討論明年度的外來入侵物種移除清單，確定後則納入「生物多樣性保育及入侵種管理計畫」內，補助經費執行。林務局表示，外來種是否可能嚴重危害本土生態，以及移除是否有其效是重要的決定因素。
植物部分，林務局目前的移除目標為小花蔓澤蘭、銀膠菊、銀合歡以及刺軸含羞木4種。林務局表示，依中央研究院TaiBNET 臺灣物種名錄資料，臺灣現有4000餘種維管束植物，其中有1187種為外來種，且大都已為歸化種，因此在資源有限的情況下，只能針對造成農業損害、人體有害及易造成生態嚴重危害之虞的入侵種，優先進行移除。
資料來源：臺灣農業故事館